任何疫苗都有一定的副作用，不过一般都很轻微。 常见的疫苗不良反应包括注射部位反应（常见于动物接种疫苗后24小时内），如发红、肿胀、硬结等；全身反应，如食欲不振、精神不振、呕吐腹泻、发烧等，通常7天左右自行恢复；另外还有一些少见的不良反应，如过敏性休克、急性出血性肾炎、心肌炎和脑炎等。但不论哪种疫苗，这些不良反应都是可逆的，即消除原发病因后，症状逐渐缓解直至消失。
值得注意的是，并不是所有的疫苗不良反应都会出现在所有接种的动物身上，而且多数情况下，不良反应出现的程度也是因人而异的。因此并不能说“XX疫苗有毒”或者“XXX疫苗不能打”等等。
需要特别说明的是：狂犬疫苗和犬心苗并非灭活疫苗，属于基因工程疫苗或类毒素疫苗。它们的主要作用机制不是通过杀灭病毒/细菌达到预防目的，而是使机体产生特异性的免疫力，所以不存在“杀菌灭毒”的作用。但是，这并不表明它们没有效果或是毒性更强——事实上，如果使用恰当，这类疫苗的安全性和有效性都是可靠的。
陶洁婧优质答主对于绝大多数宠物来说疫苗是安全的，但如同人类的预防针一样不可能完全没有副作用，注射时也有一定的风险，包括可能无法达到100%的免疫保护效果等。其中最常见的反应包括注射部位疼痛、肿胀以及一过性的发热、精神变差、食欲减退等，通常在1-3天就能自行恢复。
部分宠物可能在接种后较为顽固或重症的疫苗反应，如较长时间的高热不退（通常为40度以上）、反复呕吐、腹泻等消化道症状，或者严重的过敏反应出现面部肿胀，大面积的皮肤红疹、呼吸困难甚至休克等情况，出现这些异常表现需要及时就医治疗。
更严重的潜在严重不良反应包括注射部位出现软组织增生或恶性肿瘤的几率会增加，根据文献报道注射部位肿瘤发病的概率大约为十万分之一到三万五千分之一。
如果宠物既往在接种后出现过较为严重或顽固的疫苗反应，之后再注射极有可能出现更为严重的反应，这种情况下需要在宠物医生的指导下考虑选择性的预防，甚至可能需要放弃接种以避免严重疫苗反应的发生。
特别说明的是一只宠物可能在一次注射中同时注射几款不同毒株的疫苗，如果出现不良反应通常是无法确认具体是哪款疫苗制品引发的。另外如果宠物在注射后出现的异常症状，很可能并非是疫苗引起的，而是接种前潜在或感染了其他的疾病因素导致的。
